Το βάπτισμα, μέσω του οποίου κάποιος καθίσταται πλήρως Χριστιανός, είναι ένα από τα κορυφαία, και μάλιστα υποχρεωτικά, μυστήρια του Χριστιανισμού. Καθιερώθηκε κατά μίμηση της βάπτισης του Κυρίου από τον Ιωάννη τον Πρόδρομο στον ποταμό Ιορδάνη και σύμφωνα με την εντολή του Κυρίου «πορευθέντες μαθητεύσατε πάντα τὰ ἔθνη, βαπτίζοντες αὐτοὺς εἰς τὸ ὄνομα τοῦ Πατρός, τοῦ Υἰοῦ καὶ τοῦ Ἁγίου Πνεύματος» (Ματθ. κη’ 19-20). Κατά τη βάπτιση του Κυρίου, σύμφωνα με τους ευαγγελιστές, έγινε η φανέρωση της Αγίας Τριάδας και, αμέσως μετά, άρχισε το σωτηριώδες έργο του Χριστού στον κόσμο. Το βάπτισμα αποτελεί ορόσημο για τη ζωή του κάθε Χριστιανού: επέρχεται η κάθαρση των πρότερων αμαρτημάτων, νεκρώνεται ο παλαιός άνθρωπος και αναγεννάται «ἐξ ὕδατος καὶ Πνεύματος Ἁγίου». Οι συμβολισμοί του μυστηρίου είναι πολλοί: η κατάδυση του σώματος στο νερό συμβολίζει το θάνατο του Κυρίου, ενώ η ανάδυση την ανάστασή του. Οι λαμπάδες δηλώνουν τον «φωτισμό του Πνεύματος», ενώ το λευκό ένδυμα των νεοφώτιστων συμβολίζει την αθωότητα και την καθαρότητα της αναγεννημένης ψυχής τους.

Πριν από την επικράτηση του Χριστιανισμού οι κατηχούμενοι στη νέα θρησκεία βαπτίζονταν ενήλικες και μάλιστα σε μέρη με τρεχούμενο νερό, όπως λίμνες, ποτάμια ή στη θάλασσα. Ωστόσο, ήδη από τον 3ο αιώνα, στα κτίρια των ευχαριστιακών συνάξεων των Χριστιανών άρχισαν να διαμορφώνονται ιδιαίτερες αίθουσες για το βάπτισμα, τα βαπτιστήρια , και να διαμορφώνεται ειδικό τελετουργικό για την τέλεση του μυστηρίου. Το βάπτισμα δεν ήταν ξεχωρισμένο από την πανηγυρική θεία λειτουργία που τελούνταν σε μεγάλες δεσποτικές γιορτές, όπως τα Χριστούγεννα, το Πάσχα, τα Θεοφάνεια ή την Πεντηκοστή: οι κατηχούμενοι, μετά μια περίοδο δοκιμασίας γεμάτη με κατηχήσεις, νηστεία και μετάνοια, οδηγούνταν στο λεγόμενο «φωτιστήριο», όπου είχε διαμορφωθεί η μόνιμη κολυμβήθρα, έβγαζαν τα παλαιά τους ρούχα, βουτούσαν τρεις φορές στο νερό της κολυμβήθρας, έπειτα φορούσαν καινούρια λευκά φορέματα και στο χέρι κρατούσαν αναμμένη λαμπάδα. Μετά το πέρας του βαπτίσματος και του χρίσματος, της επάλειψης δηλαδή του σώματος του βαπτιζόμενου με άγιο μύρο , έμπαιναν στον ναό σε πομπή και μεταλάμβαναν για πρώτη φορά. Από την Μεσοβυζαντινή περίοδο, τα βαπτιστήρια ως ιδιαίτερα κτίρια ή αίθουσες δεν κτίζονται πλέον· από τον 10ο αιώνα κι εξής έχουν σωθεί μαρμάρινες και, από τη Μεταβυζαντινή περίοδο, μεταλλικές κολυμβήθρες, οι οποίες τοποθετούνταν στον νάρθηκα , όπου και τελούνταν το μυστήριο. Επίσης, ίσως από τη Μεσοβυζαντινή περίοδο και μετά, το βάπτισμα άρχισε να έχει αυτόνομη ακολουθία.

Επειδή η παιδική θνησιμότητα δεν ήταν καθόλου μικρή στη Βυζαντινή περίοδο, καθιερώθηκε νωρίς και γενικεύτηκε, μάλλον από τον 6ο αιώνα, ο νηπιοβαπτισμός, με την ηλικία των 3 ετών να έχει οριστεί ως η πιο κατάλληλη. Ωστόσο,  σε Νεαρά του Λέοντος του Σοφού ορίζεται ότι τα νήπια πρέπει να βαπτίζονται την 40ή μέρα από τη γέννησή τους, το μυστήριο όμως επισπευδόταν αν το βρέφος κινδύνευε.

Από το φόβο των αιρέσεων και των παρασυναγωγών, το βάπτισμα τελούνταν μόνον στους μεγάλους ναούς της κάθε πόλης, τους λεγόμενους «καθολικούς» ναούς, και όχι σε εξωκκλήσια ή ιδιωτικές εκκλησίες, και μάλιστα από ιερείς που ορίζονταν από τον ίδιο τον επίσκοπο. Σε περίπτωση όμως που επέκειτο ο θάνατος του νηπίου, το μυστήριο μπορούσε να πραγματοποιηθεί από διάκονο, μοναχό ή ακόμα και από μη κληρικό, όπως στην περίπτωση του αεροβαπτισμού.

Ο θεσμός του αναδόχου εμφανίζεται στην ορθόδοξη Ανατολή ήδη από τον 2ο αιώνα. Ο ανάδοχος όφειλε να είναι ορθόδοξος και ευσεβής και ουσιαστικά αποτελούσε πνευματικό γονέα του νεοφώτιστου, γεγονός που από νομική άποψη σημαίνει ότι είχε πλήρη δικαιώματα και υποχρεώσεις, όπως και ο φυσικός γονιός, και τα φυσικά τέκνα του λογίζονταν ως αδέλφια του νεοφώτιστου. Ο ανάδοχος συνήθως προσέφερε δώρα ανάλογα με την οικονομική του κατάσταση και την κοινωνική του θέση: μπορεί να ήταν χωράφια ή άλλα ακίνητα, συνήθως όμως περιορίζονταν σε φορέματα και χρήματα.

Το μυστήριο της βάπτισης περιείχε και την ονοματοδοσία, για την οποία ο ανάδοχος φαίνεται να είχε τον πρώτο λόγο. Οι γονείς προτιμούσαν να δίνουν στα παιδιά τους ονόματα παππούδων ή συγγενών που έχουν πεθάνει, συνήθεια που ισχύει μέχρι τις μέρες μας. Ο Ιωάννης ο Χρυσόστομος προέτρεπε τους γονείς να επιλέγουν ονόματα αγίων, αποστόλων ή μαρτύρων ή άλλα ονόματα που προέρχονται από γιορτές (Επιφάνιος, Πασχάλιος) ή από αρετές (Ελπίδα, Σοφία).

Αντίστοιχα έθιμα ακολουθούνταν και στη βάπτιση των βασιλοπαίδων. Η ημέρα της βάπτισης δεν ήταν προκαθορισμένη και μπορούσε να πραγματοποιηθεί λίγες μέρες μετά την γέννηση του μωρού ή την τεσσαρακοστή μέρα από τη γέννησή του, ώστε να παρευρισκόταν και η μητέρα του, με τη λήξη της περιόδου της λοχείας. Η βάπτιση τελούνταν από τον Πατριάρχη στο βαπτιστήριο, κατά κανόνα, του ναού της Αγίας Σοφίας. Μετά την τελετή ακολουθούσε πομπή που οδηγούσε το βρέφος από το ναό στα βασιλικά διαμερίσματα των ανακτόρων, κατά την οποία μοιράζονταν χρήματα προς το λαό που επευφημούσε.