Η πόλη της Βέροιας βρίσκεται στους ανατολικούς πρόποδες του Βερμίου, σε υψόμετρο 130 μ. και παρουσιάζει συνεχή κατοίκηση από την αρχαιότητα. Γνώρισε μεγάλη ανάπτυξη στους ελληνιστικούς χρόνους, ιδιαίτερα στα χρόνια της δυναστείας των Αντιγονιδών, διαδόχων του Μεγάλου Αλεξάνδρου που κατάγονταν από τη Βέροια, καθώς και στη Ρωμαϊκή περίοδο, όπου έγινε έδρα του «Κοινού των Μακεδόνων». Δέχτηκε από νωρίς το χριστιανικό λόγο και ήδη από το 325 μαρτυρείται επίσημα η παρουσία Επισκόπου. Στη διάρκεια της Παλαιοχριστιανικής περιόδου η Βέροια εξελίχτηκε σε σημαντικό διοικητικό, στρατιωτικό και εκκλησιαστικό κέντρο της ευρύτερης περιοχής και υπέστη πολλές πολεοδομικές αλλαγές, με περίλαμπρα λατρευτικά και κοσμικά κτίρια που άλλαξαν τη φυσιογνωμία της πόλης.

Μετά τον 7ο αι. και ιδιαίτερα κατά τη Μέση Βυζαντινή περίοδο, η πόλη φαίνεται πως συρρικνώθηκε προς τα ψηλότερα σημεία της. Την περίοδο αυτή η Βέροια δέχτηκε επιθέσεις Σαρακηνών και Βουλγάρων, ανακαταλήφθηκε από τους Βυζαντινούς και αργότερα πέρασε στη σερβική κυριαρχία του Στεφάνου Δουσάν (1345/6-1350). Η απελευθέρωση της πόλης από τον Ιωάννη Καντακουζηνό το 1350 εγκαινίασε μια νέα ειρηνική περίοδο μέχρι την οριστική κατάληψή της από τους Οθωμανούς το 1433.

Η πόλη ήταν οχυρωμένη με ισχυρά τείχη ήδη από της Ελληνιστική περίοδο, τα οποία δέχτηκαν πολλές επεμβάσεις στη διάρκεια των αιώνων και προστάτευσαν τους κατοίκους της στις διάφορες επιδρομές. Τα τείχη όριζαν τον αστικό χώρο ανάπτυξης της πόλης, στον οποίο οι ανασκαφικές έρευνες έχουν φέρει στο φως ένα μεγάλο αριθμό κοσμικών κτιρίων, διακοσμημένων σε πολλές περιπτώσεις με εντυπωσιακά, πολυτελή ψηφιδωτά δάπεδα. Παράλληλα, εντός της πόλης ανασκάφηκαν και πέντε παλαιοχριστιανικές βασιλικές , τρεις από τις οποίες βρίσκονται στα θεμέλια μεταβυζαντινών ναών της Παναγούδας, της Αγίας Άννας και του Αγίου Παταπίου αντίστοιχα.

Ιδιαίτερα στο χώρο του Αγίου Παταπίου έχει αποκαλυφθεί ένα μεγάλων διαστάσεων εκκλησιαστικό συγκρότημα που περιλαμβάνει μία βασιλική του 5ου αι., μία επιβλητική αίθουσα διακοσμημένη με ψηφιδωτά δάπεδα του 4ου αι. και ένα βαπτιστήριο με προαύλειο οίκο και φωτιστήριο του 4ου αι., στα ερείπια του οποίου κτίστηκε τον 5ο αι. ένα επίμηκες διμερές αψιδωτό οικοδόμημα που ταυτίστηκε με Επισκοπείο.

Σε μικρή απόσταση από τον αρχαιολογικό χώρο του Αγίου Παταπίου, στη θέση του νεότερου ναού του Αγίου Ιωάννη ανασκάφηκε ο μεγαλύτερος σε διαστάσεις παλαιοχριστιανικός ναός της Βέροιας. Πρόκειται για μια βασιλική του 6ου αιώνα, με εγκάρσιο κλίτος και νάρθηκα , η οποία ιδρύθηκε στη θέση μικρότερης βασιλικής των αρχών του 5ου αιώνα, που με τη σειρά της είχε ανεγερθεί στα ερείπια υστερορωμαϊκού λουτρού. Η βασιλική του 6ου αι. επέζησε για αιώνες, με διάφορες προσθήκες και μετατροπές, ενώ κατά την Ύστερη Βυζαντινή περίοδο αποτέλεσε χώρο ταφής.

Εκτός από τα θρησκευτικά και τα κοσμικά κτίρια οι ανασκαφικές έρευνες έχουν φέρει στο φως τμήματα των παλαιοχριστιανικών και βυζαντινών νεκροταφείων της πόλης, τα οποία αναπτύσσονταν έξω από τα τείχη και παρουσιάζουν μια ποικιλία τάφων (λακκοειδείς, κεραμοσκεπείς, κιβωτιόσχημοι).

Στη Μέση και Ύστερη Βυζαντινή περίοδο οικοδομήθηκε στη Βέροια μεγάλος αριθμός εκκλησιών, με σημαντικότερο ίσως τον ναό της Παλαιάς Μητρόπολης. Από τους σαράντα οχτώ σωζόμενους σήμερα βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς ναούς, δεκαπέντε περίπου φέρουν οικοδομικές φάσεις ή ζωγραφικά σύνολα που ανάγονται στους βυζαντινούς χρόνους και μαρτυρούν τη μεγάλη καλλιτεχνική άνθηση που υπήρξε στην πόλη κατά την Ύστερη Βυζαντινή περίοδο.

Τέλος, εντός των τειχών της πόλης, έχουν εντοπιστεί επιπλέον και ίχνη εργαστηριακών εγκαταστάσεων που παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τις δραστηριότητες των κατοίκων, όπως το κεραμικό εργαστήριο στο ΝΔ τμήμα της πόλης, το οποίο φαίνεται να λειτουργεί ήδη από την παλαιοχριστιανική και κυρίως κατά την Ύστερη Βυζαντινή περίοδο.