Η Πάτμος, στο βόρειο τμήμα του Δωδεκανησιακού συμπλέγματος, είναι ένα μικρό νησί με έδαφος βραχώδες και άγονο. Η ηφαιστιογενής σύσταση της γης και οι λιγοστές βροχές που στερούν το νησί από βλάστηση και καλλιέργειες, έστρεψαν τους κατοίκους προς τη θάλασσα και συνέθεσαν παράλληλα ένα τοπίο αφαιρετικό και απόκοσμο, κατάλληλο για να φιλοξενήσει την αποκαλυπτική συγγραφή του Ιωάννη του Θεολόγου.

Την εικόνα της αρχαιότητας για την Πάτμο αποδίδουν επιφανειακά, διάσπαρτα και αποσπασματικά ευρήματα. Τα αρχαιολογικά στοιχεία περιορίζονται στην διαπιστωμένη απουσία μινωικών και μυκηναϊκών ενδείξεων και στα λιγοστά γεωμετρικά και αρχαϊκά κατάλοιπα, τα οποία περιγράφουν αμυδρά την προχριστιανική εποχή του νησιού. Η θέση Καστέλλι, στο κεντρικό τμήμα της δυτικής ακτής του νησιού, αποτελεί μέχρι σήμερα τον σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο του νησιού. Η κατοίκηση στην περιοχή επιβεβαιώνεται από τα ευρήματα της κεραμικής και λίθινα εργαλεία στην εποχή του Χαλκού, ωστόσο οι ενδείξεις οργάνωσης και τείχισης του χώρου χρονολογούνται στα ύστερα κλασικά χρόνια. Ο οικισμός στο Καστέλλι φαίνεται πως διατηρήθηκε μέχρι τη ρωμαϊκή περίοδο.  Η λατρεία της Πατμίας Αρτέμιδος τεκμηριώνεται με ασφάλεια στο νησί από τα λείψανα ναού προς τιμήν της στη θέση που αργότερα υψώθηκε η Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου. Το νησί ανήκε, όπως και η Λέρος, στη σφαίρα εξουσίας της κραταιάς Μιλήτου.
 
Το ότι η Πάτμος αποτέλεσε τόπο εξορίας κατά τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους υπήρξε ένα γεγονός που αναμφίβολα καθόρισε την ιστορία και εξέλιξη του νησιού. Μέχρι την ιστορική αυτή καμπή με την ίδρυση της μονής στους μέσους βυζαντινούς χρόνους, η παλαιοχριστιανική εποχή στην Πάτμο –σε αντίθεση με τα αρχαιολογικά στοιχεία στα περισσότερα νησιά του Αιγαίου- διαφαίνεται αδρά σε λιγοστά αρχιτεκτονικά ευρήματα, τα οποία μάλιστα διασώθηκαν επειδή εντοιχίστηκαν στην κατασκευή της μονής και των σπιτιών του οικισμού. Μακρά περίοδος ερήμωσης του νησιού καταγράφεται στους λεγόμενους σκοτεινούς αιώνες, 7^ο έως 9^ο αι., λόγω των καταιγιστικών επιδρομών και λεηλασιών των Αράβων πειρατών.
 
Η παράδοση αναφέρει ως εξόριστο στην άγονη Πάτμο περί το 95 μ.Χ., επί των διωγμών του αυτοκράτορα Δομιτιανού, τον αγαπημένο μαθητή του Ιησού, Ιωάννη, ο οποίος κατά την παραμονή του στο νησί συνέγραψε δύο από τα σημαντικότερα γραπτά κειμήλια της χριστιανικής πίστης, το Ευαγγέλιό του και την Αποκάλυψη. Η ίδρυση της μονής, άρρηκτα συνδεδεμένη με την παράδοση αυτή, έγινε το 1088 από τον όσιο Χριστόδουλο το Λατρηνό, ο οποίος ζήτησε από τον αυτοκράτορα Αλέξιο Α’ τον Κομνηνό και πέτυχε να του παραχωρηθεί με χρυσόβουλλο –μεταξύ άλλων- το νησί, προκειμένου να ιδρύσει ένα μοναστήρι προς τιμήν του Ευαγγελιστή. Η μονή οικοδομήθηκε στην κορυφή του βουνού, πάνω στα κατάλοιπα του αρχαίου ναού της Αρτέμιδος και παλαιοχριστιανικής βασιλικής , και γύρω της αναπτύχθηκε ο οικισμός της Χώρας, με τον οποίο σήμερα συνανήκουν σε ένα αδιάσπαστο πυκνό και δαιδαλώδες αρχιτεκτονικό σύνολο.

Η απειλή των πειρατικών καταστροφών και των δηώσεων δεν αποσοβήθηκε ποτέ για το νησί. Τούρκοι, Σαρακηνοί και Νορμανδοί επέδραμαν συστηματικά το 12^ο αι. τραυματίζοντας την Πάτμο.
Η ζωή ωστόσο αντιστέκεται με τον οικισμό να επεκτείνεται και να ενισχύεται, αλλά και τη Μονή να ολοκληρώνεται κτιριακά και να διακοσμείται με τα σπουδαία τοιχογραφικά σύνολα του τέλους του 12^ου και των αρχών του 13^ου αι. στην Τράπεζα και το παρεκκλήσιο της Παναγίας. Το 1309 το νησί καταλαμβάνουν οι Ιωαννίτες ιππότες. Τον επόμενο αιώνα η Πάτμος θα αποτελέσει πεδίο των πολέμων μεταξύ Βενετών και Οθωμανών, κατορθώνοντας στο τέλος να διατηρήσει τα προνόμιά της μέσω της μονής. Το 1522 τα νησιά θα περιέλθουν στην Οθωμανική Αυτοκρατορία, γεγονός που εξασφάλισε στην Πάτμο κάποια σταθερότητα και γαλήνη. Σταδιακά, κατά τον 16^ο και 17^ο αι., ο εμπλουτισμός του πληθυσμού με πρόσφυγες από την Πόλη και την Κρήτη, σε συνδυασμό με την εντατικότερη ενασχόληση των ντόπιων με το εμπόριο και τη ναυτιλία, είχε ως αποτέλεσμα την άνοδο μιας νέας αριστοκρατικής τάξης στο νησί, η οποία συνδέθηκε με μια φάση ανάπτυξης και ευημερίας της Πάτμου. Σοβαρό πλήγμα στην ανάκαμψη έδωσε το 1659 η λεηλασία του νησιού από τον Βενετό Μοροζίνι, ως αντίποινα στην πράξη της μονής να διαπραγματευτεί με τους Τούρκους.

Η διπλωματική αστοχία της μονής και τα συνακόλουθα καταστροφικά αποτελέσματα κλόνισαν τη φερεγγυότητά της και της στέρησαν από τότε το συγκεντρωτικό ρόλο που διαδραμάτιζε για την Πάτμο. Ο οικισμός από το 1669 άρχισε με την έλευση Κρητών προσφύγων από την πτώση του Χάνδακα να αυξάνεται και να επεκτείνεται, ενώ η αποδέσμευση από τον έλεγχο της μονής έδωσε ώθηση και ανάδειξε την τάξη των ναυτικών. Το 1713 ιδρύεται η Πατμιάδα Σχολή. Όλοι αυτοί οι παράγοντες συνέβαλαν ώστε να γνωρίσει η Πάτμος μια πρωτοφανή για το νησί περίοδο οικονομικής ευρωστίας και πνευματικής ανόδου.